La Fundación Instituto Bíblico y Oriental fue constituida por escritura pública, otorgada ante notario, el día 7 de febrero de 2002. Figuran como fundadores D. Jesús García Recio y Caja España de Inversiones, Caja de Ahorros y Monte de Piedad.
Los fines de la Fundación quedan determinados en el artículo 6 de los Estatutos donde se establece: «La Fundación tiene por objeto primordial la conservación y enriquecimiento del Museo Bíblico y Oriental con el que se comienza –el tercer más importante de España– cuya finalidad y destino serán eminentemente pedagógicos: Formación epigráfica y arqueológica de los alumnos del Instituto, acercamiento del Oriente Bíblico a los universitarios,a los estudiantes de primaria y secundaria, y al público en general».
Por resolución de 17 de octubre de 2002, de la Secretaría General de la Consejería de Educación y Cultura, inscribe la «Fundación Instituto Bíblico y Oriental» de León, en el Registro de Fundaciones de la Comunidad de Castilla y León. (BOCyL nº 215 de 6 de noviembre de 2002)
Una resolución de 11 de septiembre de 2003, de la misma Secretaría General de la Consejería de Cultura , corrige algunos errores que modifica, por la existencia de errores aritméticos, la Resolución de 17 de octubre de 2002. Con lo que la Fundación Instituto Bíblico y Oriental se inscripción en el Registro de Fundaciones de forma definitiva. (BOCyL nº 186 de 25 de septiembre de 2003)