Una de las actividades importantes del Instituto Bíblico y Oriental es la de participar en excavaciones arqueológicas.

El IBO llevó a cabo su primera excavación, ya terminada, en Jerusalén, donde se estudió el Gólgota dentro de la Basílica del Santo Sepulcro.​ Han puesto en marcha, también en Jerusalén, los trabajos de investigación en la Iglesia de San Pedro in Galli Cantu.

El Instituto Bíblico y Oriental tiene, desde el 16 de julio de 2015, la Concesión Oficial del del Ministerio de Antigüedades del Gobierno Iraquí para trabajar en la excavación del yacimiento arqueológico de Tel Bismaya (Adab), en la baja Mesopotamia (Iraq).

Desde entonces, la concesión de excavación en Tel Bismaya (Adab) se ha ido renovando cada 5 años.

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